Если база большая - лучше использовать какие-нибудь инструменты для ее резервного копирования, к примеру http://www.ozerov.de/bigdump/
Трекер использует файловую систему для хранения данных и кеширования правил, это максимально эффективное решение для использования на "среднем" хостинге без дополнительных настроек. Если производительности вашего хостинга недостаточно, вы можете использовать специальных хостинг для CPA Tracker от наших партнеров TheIdeaHosting, подробная информация здесь: https://www.cpatracker.ru/?page=hosting
Посмотрите mySQL структуру, там вроде все очень просто.
CPA Tracker рассчитан на то, чтобы работать на любых хостингах. С минимальными требованиями по памяти, установленными модулями, отсутствием кеширующих механизмов и т.д. Максимальная совместимость.
Скачали, поставили и пользуемся.
Если у вас большие объемы - всегда можно внести изменения и настроить сервер на оптимальную отдачу. Поставить memcache и хранить там кеш правил, поменять в вызове geoip_open GEOIP_STANDARD на GEOIP_MEMORY_CACHE и т.д., посмотреть где еще узкие места в реализации (WURFL) и поправить их, благо код открыт.
Если вам нужна помощь с настройкой CPA Tracker для обработки больших объемов переходов — напишите нам.
Вы можете вручную очистить таблицы базы данных, какой-то специальной процедуры пока не предусмотрено.